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生物信息学分析平台
发表时间:2013-04-03 阅读次数:7815次

实验室生物信息学平台

实验室与上海烈冰信息科技有限公司共同开发一套生物信息分析平台。该平台具备良好的图形用户界面,简单易学。三大功能模块涵盖主流信息学分析流程。

高通量测序分析:

重测序分析,ChIP-Seq, RNA-Seq,分析基因组变异分析,DGE

芯片分析:

芯片归一化,差异基因筛选,ANOVA分析,PCA分析,聚类分析,共表达分析

本地数据库挖掘:

GO数据库,KEGG数据库,Pathway数据库

 

实验室自主开发的数据库平台和软件

PMRD, 植物雄性生殖数据库

http://www.pmrd.org/

PMRD是整合植物雄性生殖信息的综合型数据库。数据库收录与植物雄性生殖发育相关的基因和突变体数据。用户可以方便查询相关基因的序列,物理位置,生物学功能,表达模式,突变体表型和相关文献。除此之外,数据库还具备一组实用工具,实现BLAST查询,芯片数据浏览,ID转换等功能。

 

GMDD 转基因检测方法数据库

http://gmdd.shgmo.org/

GMDD是上海公共研发平台的一部分。主要功能有两个方面:1,GMO检测方法的收录和查询;2,GMO检测服务

 

GRS 基因组压缩软件

http://gmdd.shgmo.org/Computational-Biology/GRS/

GRS软件可应用于拼接完成的染色体序列的压缩。

 

ANAP 拟南芥蛋白互作网络知识数据库

http://gmdd.shgmo.org/Computational-Biology/ANAP/ANAP_V1.1/

整合11个蛋白互作数据库资源,涵盖89种互作方式。可以在线查询拟南芥蛋白互作网络。

 

ProAP蛋白质致敏性预测

http://gmobl.sjtu.edu.cn/proAP/main.html

ProAP是一个在线预测蛋白质过敏性的数据库平台

 

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