报 告 人: 刘晓 博士

清华大学 生命科学学院

报告题目: De novo genome assembly

报告时间: 2013年9月11日（星期三）晚上19:00时

报告地点:上海交通大学生命学院3-105号会议室

联系人：张大兵 教授

报告人背景介绍：

994        南京大学生物系   学士

1997       北京大学细胞遗传系 硕士

2005       约翰霍普金斯医学院生物物理系 博士

2011       斯坦福大学发育生物学系 博士后

2012-至今  清华大学 生命科学学院 PI

主要研究领域与方向

实验室主要通过开发和利用高通量实验技术，从功能基因组学和系统生物学角度，主要以线虫神经系统为模型，研究细胞命运决定和进化的分子机制 。

代表性论文

1.      Liu, X., Long, F., Peng, H., Aerni, S.J., Jiang, M., Sánchez-Blanco A., Murray. J.I., Preston, E., Mericle, B., Batzoglou, S., Myers, G., and Kim, S.K. (2009). Analysis of cell fate from single-cell gene expression profiles in C. elegans. Cell 139: 623 - 633

2.      Long, F., Peng, H., Liu, X., Kim, S.K., and Myers, G. (2009). A 3D digital atlas of C. elegansand its applicationto single-cell analyses. Nature Mathods 6: 667 - 672

3.    Long, F., Peng, H., Liu, X., Kim, S.K., and Myers, G. (2008). Automatic Recognition of Cells (ARC) for 3D images of C. elegans. Recomb.

4.      Peng, H., Long, F., Liu, X., Kim, S.K., and Myers, E.W. (2008). Straightening Caenorhabditis elegans images. Bioinformatics 24, 234-242

5.      Liu, X., C.K. Lee, N.D. Clarke, and J.D. Lieb (2006) Quantification of chromatin contributions to DNA-binding site utilization. Genome Res. 16: 1517 – 1528

6.      Liu, X., Noll, D.M., Lieb, J.D., and Clarke, N.D. (2005) DIP-chip: Rapid and accurate determination of DNA-binding specificity. Genome Res. 15: 421 – 427

7.      Liu, X. and Clarke, N. D. (2002) Rationalization of gene regulation by a eukaryotic transcription factor: calculation of regulatory region occupancy from predicted binding affinities. J. Mol. Biol.323:1-8.

8.      Linask, K.K., Ludwig, C., Han, M., Liu, X., Radice, G.L. & Knudsen K.A. (1998) N-Cadherin/Catenin Mediated Morphoregulation of Somite formation. Developmental Biology202, 85-102.

9.      He, W., Gao, J., Liu, X., & Sun, F. (1996) Establishment of Embryonic  Stem Cell Lines Derived from Outbred Mouse Embryos and Production of Chimeras. Chinese Journal of Developmental & Reproductive Biology 5, 21-24.